Najważniejszym problemem drugiego patrolu był całkowity brak kontaktów z nawodnymi okrętami lub statkami handlowymi przeciwnika, które nadawałyby się do przeprowadzenia ataku torpedowego. Przez całe 16 dni pobytu w wyznaczonym sektorze załoga nie przeprowadziła ani jednego ataku torpedowego ani artyleryjskiego. Wszystkie wykrycia radarowe na urządzeniu SJ okazały się być zakłóceniami, niewielkimi chmurami deszczowymi lub kontaktami z własnymi jednostkami podwodnymi. Jedyny obiecujący kontakt wzrokowy z 9 kwietnia okazał się po podejściu jedynie dryfującym drewnianym rumowiskiem, które z daleka przypominało kiosk okrętu podwodnego. Wobec ciągłego zagrożenia ze strony patroli lotniczych okręt spędził w zanurzeniu łącznie aż 15 dni.
Intensywne manewrowanie na wysokich prędkościach w celu realizacji zadań specjalnych oraz zmiennych rozkazów doprowadziło do szybkiego wyczerpania zapasów paliwa. 8 kwietnia ComSubPac wydał rozkaz opuszczenia rejonu działań i powrotu do bazy Pearl Harbor z postojem na wyspie Johnston. W drodze powrotnej Archerfish zawinął na Johnston 23 kwietnia 1944 roku, gdzie pobrał 14 900 galonów paliwa oraz uzupełnił świeże zapasy. Przeprowadzono tam również próby pełnego rozładowania i ładowania baterii akumulatorów, uzyskując ich 100% pojemność.