Zardariemu zostały wówczas postawione nowe zarzuty, korupcji oraz powiązania z zamachem na Murtazę Bhutto.
W związku z zarzutami Zardari od 1997 do 2004 roku przebywał w areszcie. Zwolniony został za kaucją w listopadzie 2004 roku. Po zwolnieniu z aresztu wyjechał do Nowego Jorku. Mieszkał w USA oraz w rodzinnym domu w Dubaju w ZEA. Zardari jest chory na cukrzycę, ma kłopoty z sercem i kręgosłupem.
W sierpniu 2004 roku Zardari przyznał, że posiada majątek o wartości 4,35 mln £ w Surrey w Anglii (rezydencja i dwie farmy)Bhutto’s husband now admits owning £4m estate, The Guardian, 21 sierpnia 2004., który według pakistańskich władz zdobył w wyniku korupcji. Wcześniej on sam i jego rodzina długo zaprzeczali posiadaniu takich nieruchomości. Najwyższy Sąd Anglii i Walii wszczął postępowanie w sprawie okoliczności nabycia majątku przez Zardariego.
Innym zarzutem przeciw Zardariemu była sprawa zakupu w Szwajcarii drogocennej biżuterii. Fakt ten miał wskazywać na próby prania brudnych pieniędzy przez rodzinę BhuttoSwiss Want Bhutto Indicted in Pakistan for Money Laundering, The New York Times, 20 sierpnia 1998..