Duża część kibiców niezadowolona z sytuacji w klubie w 2002 stworzyła nowy klub pod nazwą AFC Wimbledon. Po trudnych negocjacjach stowarzyszenia niezależnych kibiców AFC Wimbledon i MK Dons MK zrzekł się wszelkich praw do trofeów oraz do historii Wimbledon F.C. na rzecz London Borough of Merton.
Sukcesy FA Cup (1): 1988 Fourth Division (1): 1983 Anglo Italian Cup (1): 1976 FA Amateur Cup (1): 1963 Southern League Mistrzowie Premier Division: 1975, 1976, 1977 Southern League Cup Isthmian League Mistrzowie: 1930/31, 1931/32, 1934/35, 1935/36, 1958/59, 1961/62, 1962/63, 1963/64 Isthmian League Division One Mistrzowie: 2004/2005 Combined Counties League Mistrzowie: 2003/2004 London Senior Cup Zwycięzcy: 1930/31, 1933/34, 1961/62, 1974/75, 1976/77 Clapham League Mistrzowie(2): 1896-97 (unbeaten); 1900-01; South Western Cup Zwycięzcy (1): 1900/01; Surrey Senior Cup Zwycięzcy (4): 1935/36; 1939/40; 1948/49; 1954/55; Surrey Charity Shield Zwycięzcy (5): 1924/25; 1925/26; 1926/27; 1930/31; 1934/35; Surrey Combination Cup Zwycięzcy (2): 1928/29; 1930/31; London Charity Cup Zwycięzcy (3): 1935/36; 1949/50; 1951/52; South London Charity Cup Zwycięzcy (2): 1905/06; 1930/31; South Western Charity Cup Zwycięzcy: 1930/31; South of the Thames Cup Zwycięzcy (4): 1953/54; 1960/61; 1961/62; 1962/63;