W 2007 i 2008 roku Hamšík zajął drugie miejsca w plebiscycie na najlepszego słowackiego piłkarza oraz pierwsze miejsca w plebiscycie na najlepszego słowackiego piłkarza młodego pokolenia. W 2009 roku został najlepszym graczem w kraju. W 2011, 2016 i 2017 roku został wybrany do Drużyny Roku Serie A, a w 2015 roku znalazł się w drużynie sezonu Ligi Europy UEFA. W 2013 roku Hamšík został uznany przez Bloomberg za ósmego najlepszego piłkarza w Europie.
Kariera klubowa Jupie Podlavice i Slovan Bratysława Marek Hamšík w wieku czterech lat rozpoczął treningi w klubie Jupie Podlavice z Bańskiej Bystrzycy. 6 sierpnia 2002 roku został zawodnikiem Slovana Bratysława, gdzie początkowo występował w drużynach juniorskich. Przed sezonem 2004/2005 Hamšík został włączony do kadry dorosłego zespołu Slovana. Zadebiutował w nim 24 lipca w spotkaniu z MFK Zemplín Michalovce. Dwa tygodnie później zdobył pierwszą bramkę dla Slovana w meczu z Tatranem Prešov. Po rozegraniu sześciu spotkań odszedł do włoskiego klubu Brescia Calcio.