W 1919 roku rozpoczął pracę w administracji Lasów Państwowych. Po krótkim czasie awansował na stanowisko leśniczego, następnie nadleśniczego. Jednocześnie pełnił funkcję zastępcy kierownika i nauczyciela w Szkole dla Leśniczych w Zagórzu. W roku 1922 urodziła mu się córka Teresa, w 1924 córka Zofia. W 1928 roku Jan Jerzy Karpiński objął stanowisko kierownika nadleśnictwa Rezerwat, a następnie przyczynił się do przekształcenia go w Białowieski Park Narodowy.
W latach 1928–1939 utworzył w Białowieży bibliotekę naukową, laboratorium Parku Narodowego, laboratorium wspomagające hodowlę zwierząt chronionych oraz łowiectwo, a także Muzeum Przyrodniczo Leśne. Od roku 1929 kierował Szkołą dla Leśniczych w Białowieży. Pracę doktorską Karpińskiego zatytułowaną Fauna korników Puszczy Białowieskiej na tle występujących w Puszczy drzewostanów opublikowano w roku 1933. W 1935 Jan Jerzy Karpiński otrzymał tytuł Honorowego Obywatela gminy Białowieża.