Wyszedł na wolność dopiero w 1991, po 17 latach odsiadki. W latach 90. XX w. sekretarz albańskiego Komitetu Helsińskiego, działacz Forum Praw Człowieka, od 1994 wydawca czasopisma Përpjekja (Wysiłek). Sławę międzynarodową zyskał jako autor tekstów, sytuujących się na pograniczu antropologii i filozofii polityki, analizujących współczesną tożsamość Albańczyków i przemiany świadomości, specyficzne dla okresu transformacji. Osobne miejsce w jego twórczości zajmują wspomnienia więzienne, w których autor z niezwykłą przenikliwością analizuje postawy ludzi zamkniętych w obozie pracy. Występując przeciwko poparciu udzielanemu przez Albanię dla wojny w Iraku stracił stałą rubrykę w Shekulli – jednym z najbardziej poczytnych pism w Albanii. W jednym z artykułów polemicznych Lubonja zarzucił właścicielowi pisma – Koço Kokedhimie stosowanie cenzury i powiązania z rządzącą w Albanii ekipą. W 2003 r. stanął przed sądem, oskarżony o zniesławienie przez Kokedhimę, ale został oczyszczony z zarzutów.
Współtwórca (wraz z artystą Ardianem Iusufim) instalacji Postbllok-Checkpoint (2013), znajdującej się w centrum Tirany.