Zaraz po zburzeniu meczetu w Indiach wszczęto śledztwo w tej sprawie. Objęło ono środowiska Rashtriya Swayamsevak Sangh, w tym również samego Advaniego. Dochodzenie w sprawie ustalenia jego roli w wydarzeniach z 1992 ciągnęło się przez cały ten okres. W 2006 specjalny sąd orzekł, że Advani był winny wygłaszania prowokacyjnych i podburzających przemówień, HindustanTimes..
Sprawa Jinnaha W czerwcu 2005 Advani wywołał ogólnonarodowe kontrowersje i dyskusję swoim zachowaniem podczas wizyty w Pakistanie. W czasie tej wizyty, 4 czerwca 2005 wygłosił pojednawcze przemówienie, w którym wychwalał pakistańskiego „ojca narodu” Muhammada Ali Jinnaha i określił go mianem „świeckiego przywódcy”. Wypowiedź ta oburzyła szczególnie konserwatywnych polityków, także w jego własnej partii, której Advani był w tym czasie przewodniczącym. W IPL pojawiły się głosy wzywające go do rezygnacji z przywództwa„Prasad appeals Liberhan Comm to summon ‘Time’ journos”, Outlook India., India Daily, 31 maja 2005..
18 września 2005 Advani ogłosił, iż ustąpi ze stanowiska przewodniczącego partii w grudniu 2005 po zakończeniu uroczystości srebrnego jubileuszu partii„Advani to call it quits in December”, The Times of India, 18 września 2005..