Pilot przejmował stery w końcowej fazie lotu, aby skierować dziób w odpowiednim kierunku, a tym samym wycelować, odrzucić stożek ochronny i pociągnąć za spust, co powodowało wystrzelenie salwy rakiet (trzydziestu trzech pocisków R4M lub dwudziestu czterech Henschel Hs 117) zamontowanych w części nosowej samolotu, po czym samolot przelatywał nad wrogimi bombowcami aż do momentu, w którym kończyło mu się paliwo i taranował ogon bombowca tuż po wyskoczeniu pilota z kabiny ze spadochronem.
Pomimo stopnia skomplikowania, przewagą projektu Bachema nad projektami konkurencyjnymi był fakt, że zaprojektowany przez niego samolot nie potrzebował lotniska które, jak pokazała historia Me 163, byłoby bardzo podatne na ataki wrogich bombowców.
Modyfikacje thumb|left|Start prototypu Bachem Ba 349 w 1944 Po tym, jak projektem zainteresował się Reichsführer SS Heinrich Himmler, Bachem zwyciężył w konkursie na projekt samolotu. Luftwaffe wprowadziła do projektu kilka zmian, aby zachować jak najwięcej cech samolotu, m.in. zrezygnowano z taranowania bombowców po odpaleniu rakiet.