Od tego czasu w lubelskim zborze przeważali bracia polscy o umiarkowanych poglądach, odrzucający utynitaryzm.

Działania kontrreformacji Arianie: Marcin Czechowic i Jan Niemojewski byli głównymi ideologami protestantyzmu na Lubelszczyźnie i uczestniczyli w latach 1557–1598 niemal we wszystkich synodach innowierczych oraz w około 16 dysputach z katolikami.

Do Lublina przybyli wybitni teolodzy katoliccy: Hieronim Powodowski, Stanisław Warszewicki, Szymon Wysocki i Marcin Łaszcz. Ich głównym celem stali się bracia polscy, oskarżani o największe „herezje” i wypaczenia. Najważniejsze dysputy z braćmi polskimi odbyły się w latach 1581, 1586 i 1592.

Atakowanie protestantyzmu ułatwiały głębokie podziały tego ruchu i spory między kalwinistami i braćmi polskimi, dotyczące nie tylko teologii, lecz także programu reform społecznych. Temu innowierczemu „chaosowi” (który można też uznać za twórczy ferment), katoliccy działacze przeciwstawiali monolityczną ideologię odnowioną po Soborze Trydenckim, zaś protestanckiej żarliwości religijnej przeciwstawiali mistycyzm hiszpański.

Pod koniec XVI wieku mnożyły się konwersje protestantów lubelskich na katolicyzm;