Pierwszymi znanymi pastorami kalwińskimi, pochodzącymi z Lublina byli: Marcin (od 1556 „minister zboru” we Włodzisławiu) oraz Jan Lublinus (pod koniec lat 1550. pastor w dobrach Mikołaja Reja). W 1561 Janusz z Lublina wystąpił do synodu w Pińczowie z prośbą o przysłanie pastora. W następnym roku przybył do Lublina Stanisław Paklepka (po studiach teologicznych w Bazylei i Zurychu). Rok 1562 to powstanie pierwszej parafii kalwińskiej w Lublinie. W XVI wieku istniało na Lubelszczyźnie 37 zborów kalwińskich (najważniejsze znajdowały się w Lublinie, Kocku, Bełżycach i Lubartowie) i był to, obok Kielecczyzny najsilniejszy ośrodek tego wyznania w I Rzeczypospolitej.
Do zboru lubelskiego należeli też cudzoziemcy, głównie Niemcy i Szkoci. Na nabożeństwa uczęszczała przyjezdna szlachta kalwińska, przybywająca do Trybunału Koronnego. W 1627 podczas tumultu katolicy zburzyli zbór lubelski i niemożliwa była jego odbudowa z powodu zakazania przez Sejm erygowania zborów w miastach królewskich. Zbór umieszczono w domu prywatnym, a od 1633 w obawie przed napaściami przeniesiono zbór do Bełżyc. Od 1654 zbór miał stałego duszpasterza, którym często zostawał senior dystynktu lubelsko-chełmsko-bełskiego. Pierwszym z ministrów został Krzysztof Kraiński, autor katechizmu, agendy zbornej i zbioru kazań (postylii).