2 lutego 1528 r. wylądował na wyspie Mindanao na Filipinach, gdzie odbił z rąk krajowców grupkę żeglarzy hiszpańskich z jednej z poprzednich wypraw. Stamtąd skierował się na południe docierając wkrótce do wysp Halmahera i Tidore w archipelagu Moluków. Po uwolnieniu poszukiwanych załóg, próbował powrócić do wybrzeży Nowej Hiszpanii (Meksyku). Dotarł do północnych wybrzeży Nowej Gwinei, podążając wzdłuż nich przez dłuższy czasPrzez ok. 100 lig (ok. 418 km, przyjmując ligę równą 4180 m)., a potem skierował się na północ poszukując strefy stałych wiatrów zachodnich. Dotarł do 14° szerokości geograficznej północnej, ale z braku pomyślnych wiatrów musiał zawrócić na Tidore. Przy drugiej próbie powrotu, rozpoczętej w maju 1529, również popłynął wzdłuż wybrzeży Nowej Gwinei, odbijając na północ. Podczas podróży odkryto Ponape w Karolinach i Enewetak w archipelagu Wysp Marshalla. "Florida" dotarła aż do 31° N, ale również nie znalazła strefy pomyślnych wiatrów.
W tym drugim nieudanym rejsie Saavedra zmarł 9 października 1529, okręt powrócił na Moluki, gdzie załoga została internowana przez Portugalczyków i była więziona na Halmaherze do 1533 r. Ostatecznie członkom załogi udało się powrócić do Hiszpanii w 1536 r.