Drugie mistrzostwo Polski juniorów na torze zdobył w wyścigu punktowym.
2009 W 2009 został mistrzem Polski w wyścigu szosowym ze startu wspólnego w kategorii U23. Startował także w mistrzostwach świata w kategorii U23, zajmując 43. miejsce w jeździe indywidualnej na czas i nie kończąc wyścigu szosowego ze startu wspólnego.
2010 W 2010 w tej samej kategorii wiekowej zajął na mistrzostwach świata 38. miejsce w jeździe indywidualnej na czas oraz 77. miejsce w wyścigu szosowym ze startu wspólnego, a w mistrzostwach Polski zajął drugie miejsce w jeździe indywidualnej na czas (również w kategorii U23).
Sukcesy torowe wśród seniorów W 2008 zdobył mistrzostwo Polski seniorów w wyścigu punktowym i wicemistrzostwo Polski seniorów w torowym wyścigu drużynowym na dochodzenie (z Pacific Toruń).
Szosowa kariera seniorska thumb|180px|Michał Kwiatkowski odbiera jedną z nagród zdobytych podczas Tour de Pologne 2012 – puchar Prezesa Rady Ministrów. thumb|180px|Kwiatkowski na podium po wygraniu Mistrzostw Świata 2014 Od 2010 startuje w peletonie zawodowym. Jego pierwszą drużyną była hiszpańska Caja Rural. W 2011 występował w zespole Team RadioShack, od 2012 w Omega Pharma-Quick Step.