W Nowym Jorku musieli uznać wyższość Wayne’a Blacka i Kevina Ullyetta.
Start w ATP World Doubles Challenge Cup podsumowującym sezon 2001, który ze względu na kłopoty organizatora odbył się z kilkumiesięcznym poślizgiem już w 2002 roku, Amerykanie zakończyli na półfinale.
Wyniki Johnsona z 2001 roku i 2 wygrane turnieje oraz półfinał Australian Open w styczniu 2002 roku dały Johnsonowi awans na pozycję lidera światowego rankingu deblistów 28 stycznia 2002. Łącznie na szczycie listy znajdował się przez 20 tygodni. W sezonie 2002 Johnson nadal startował w parze z Jaredem Palmerem, na koniec sezonu pozostając najstarszym graczem w czołowej dziesiątce klasyfikacji światowej. Johnson i Palmer w tymże roku byli w półfinale Wimbledonu, ćwierćfinale US Open oraz 2 finałach, w tym Tennis Masters Series w Miami. Zakwalifikowali się także do Tennis Masters Cup jak 4 para na świecie, ale nie mogli wystąpić w turnieju, gdyż Johnson poddał się operacji lewego stawu skokowego.
W 2003 roku Johnson i Palmer doszli do ćwierćfinału Australian Open, a w parze z Leanderem Paesem Johnson był w finale w ’s-Hertogenbosch. Były to ostatnie znaczące osiągnięcia Amerykanina.