Tymczasem wielu członków rodu van Wassenaerów było wciąż katolikami i obawiało się szykan z przyczyn religijnych.
Gdy w 1652 roku wybuchła pierwsza wojna angielsko-holenderska, Jacob jako pułkownik kawalerii ponownie został delegatem, tym razem do Stanów Generalnych. Tam wspierał frakcję Johana de Witta i Cornelisa de Graeffa, który proponował budowę silnej zawodowej floty reprezentującej całe Zjednoczone Niderlandy i finansowanej z budżetu wojskowego. Flota taka jego zdaniem powinna być znacznie skuteczniejsza od dotychczasowej, która składała się z różnych eskadr wystawianych przez poszczególne prowincje. Ze względu na admiralski stopień swego ojca Jacob został mianowany delegatem Stanów Generalnych do floty narodowej, będąc odpowiedzialnym za codzienne relacje między Stanami a marynarką wojenną. Pozycja ta dała Jacobowi bardzo duże wpływy.