Słupek składa się z 8–12 zrośniętych owocolistków, a jego znamię jest tarczowate, płaskie, z 8–12 promieniami dochodzącymi do ząbkowanego brzegu. Kwitnie od czerwca do września. Owoc Torebka o gruszkowatym kształcie, 2 razy mniejszy niż u grążela żółtego.
Biologia i ekologia thumb|left|Grążel drobny w szuwarze skrzypowym Bylina, hydrofit. Zasiedla zbiorniki wód stojących o bardzo zróżnicowanej żyzności, ale preferuje podłoże torfowe. Wrażliwy na obecność wapnia w wodzie lub w podłożu. Tworzy swój własny zespół Nupharetum pumili, dla którego jest gatunkiem charakterystycznym.
Zmienność Tworzy mieszańca z grążelem żółtym o nazwie naukowej Nuphar × spenneriana Gaudin 1828, Fl. Helv., 3: 439.
Zagrożenia i ochrona Grążel drobny objęty jest w Polsce ścisłą ochroną gatunkową na podstawie rozporządzeń wydawanych kolejno w latach: 1983 – Rozporządzenie Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 30 kwietnia 1983 r. w sprawie wprowadzenia gatunkowej ochrony roślin, 1995 – Rozporządzenie Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 6 kwietnia 1995 r. w sprawie wprowadzenia ochrony gatunkowej roślin, 2001 – Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 11 września 2001 r.