Członkowie Centrum włączyli się również do debaty publicznej na temat stosunków polsko-żydowskich, czego przykładem było wyrażenie w 2013 sprzeciwu wobec pomysłu lokalizacji pomnika Polaków ratujących Żydów w czasie II wojny światowej na terenie dawnego getta warszawskiego. W liście otwartym naukowcy napisali, że umieszczenie tego monumentu właśnie tam, byłoby „tryumfem narodowego samozadowolenia”.
W latach 2003–2023 Centrum opublikowało m.in. 21 tomów serii wydawnictw źródłowych Biblioteka Świadectw Zagłady oraz 7 monografii naukowych będących pokłosiem prowadzonych projektów badawczych. W 2018 roku ukazała się dwutomowa publikacja pod redakcją Barbary Engelking i Jana Grabowskiego pt. Dalej jest noc. Losy Żydów w wybranych powiatach okupowanej Polski, stanowiąca podsumowanie realizowanego przez Centrum kilkuletniego projektu badawczego pt. Strategie przetrwania Żydów podczas okupacji w Generalnym Gubernatorstwie 1942–1945. Studium wybranych powiatów.