W 1802 J.S.Mayr został wybrany kapelmistrzem w bazylice Santa Maria Maggiore w Bergamo i pozostał na tym stanowisku do śmierci. W 1805 otworzył zainicjowaną przez niego miejską szkołę muzyczną, w której sam prowadził zajęcia z komponowania. Szkoła ta, w której młodzi, niezamożni, ale uzdolnieni muzycznie ludzie otrzymywali gruntowne wykształcenie muzyczne oraz ogólne, była wzorcem dla podobnych instytucji w całych Włoszech.
W 1964 założono w Riedenburgu szkołę realną (średnia szkoła ogólnokształcąca), którą nazwano imieniem kompozytora, a w. 1995 powołano w Riedenburgu towarzystwo Simon-Mayr-Gesellschaft.
Opery Saffo (1794) La Lodoiska (1796) Un pazzo ne fa cento (1796) Telemaco nell'isola di Calipso (1797) L'intrigo della lettera (1797) Il segreto (1797) Avviso ai maritati (1798) Lauso e Lidia (1798) Adriano in Siria (1798) Che originali (1798) Amor ingegnoso (1798) L'ubbidienza per astuzia (1798) Adelaide di Guesclino (1799) L'accademia di musica (1799) Labino e Carlotta (1799) L'avaro (1799) La locandiera (1800) Il caretto del venditore d'aceto (1800) L'inconvenienze teatrali (1800) L'equivoco, ovvero Le bizzarie dell'amore (1800) Gli sciti (1800) Ginevra di Scozia (1801) Le due giornate (1801) I virtuosi (1801) Argene (1801) I misteri eleusini (1802) Ercole in Lidia