Wkrótce rozpoczął uczęszczanie do katolickiej St. Joseph's High School. Z rewerencją wspomina ówczesną debatę ze zwolennikami Lyndona Johnsona. Za namową swojego nauczyciela języka angielskiego oraz trenera koszykówki przez pewien czas był uczestnikiem spotkań lokalnego koła John Birch Society. Pod wpływem „Bogactwa narodów” Adam Smitha postanowił zostać ekonomistą.
W 1968 roku zaczął uczęszczać do jezuickiego Boston College, które ukończył z tytułem Bachelors of Arts (licencjat) ekonomii. Pod wpływem czytania periodyku „New Guard”, wydawanego przez konserwatywne Young Americans for Freedom (YAF), porzucił konserwatyzm Goldwatera-Buckleya (the Goldwater-Buckley conservatism) i został przeciwnikiem karania tzw. przestępstw bez ofiar oraz udziału USA w wojnie w Wietnamie. Wspomina, że na drugim roku zaczął czytać literaturę faktu Ayn Rand, w tym „Kapitalizm. Nieznany ideał”. Joseph Salerno przekonał się do libertarianizmu (anarchokapitalizmu) w 1971 roku po zapoznaniu się z artykułem pt. "The New Right Credo – Libertarianism" z New York Times Magazine. Również pod wpływem tej publikacji zainteresował się austriacką szkołą w ekonomii, a szczególnie austriacką teorią cyklu koniunkturalnego. Pasję tę wzmocnił nauczyciel kursu historii myśli ekonomicznej, jezuita Robert Cheney.