Bartłomiej Nowak dotarł do Romualda Traugutta na Smolnej w Warszawie, który przywrócił mu uprawnienia samodzielnego dowódcy w randze pułkownika.
Jesienią 1863 jego oddział pod Markowicami dokonał nieudanego zamachu na majora Schwartza – adiutanta księcia Emila von Wittgenstein, naczelnika wojennego kolei Warszawsko-Bydgoskiej. Pułkownik Nowak wielokrotnie przekraczał granicę rosyjsko-pruską przemycając broń i ochotników.
W marcu 1864 został aresztowany przez Prusaków przy próbie nielegalnego przekroczenia granicy w rejonie Sędzina. Nowaka przewieźli do więzienia w Inowrocławiu, a później do Berlina. Po procesie o zdradę stanu uwięziony został w Moabicie. Po roku więzienia dzięki interwencji pruskich posłów został zwolniony.
Pracował później jako karbowy i rządca w majątkach na terenie zaboru pruskiego. Po carskiej amnestii wrócił do Słupów. Po 1875 kupił gospodarstwo w okolicy Bodzanowa, gdzie zamieszkał wraz z rodziną. Do śmierci nie ustawał w pracy oświatowej, organizował tajne szkółki elementarne, propagował kółka rolnicze. Wspierał również osoby powracające z zesłania. Zmarł w 1890 roku na zapalenie płuc, którego nabawił się najprawdopodobniej doglądając wyrębu lasu jako zarządca folwarku. Według opowieści mieszkańców jego pogrzeb zamienił się w manifestację narodową.