Spodziewając się wkroczenia Armii Czerwonej na Ukrainę, w grudniu 1918 r. Bołboczan zdelegalizował charkowską radę robotniczą, popierającą rewolucję socjalistyczną i rozpoczął przygotowywanie miasta do obrony. 19 grudnia rada otwarcie wypowiedziała mu posłuszeństwo i ponownie wybrała prezydium złożone z bolszewików i lewicowych eserowcówA. Adams, Bolsheviks..., s. 83-84.. W ostatnich dniach grudnia oddziały Bołboczana w znacznej części rozpierzchły się lub przeszły na stronę bolszewików. 3 stycznia Bołboczan musiał wycofać się z Charkowa, który został niemal natychmiast zajęty przez oddziały pod dowództwem Władimira Antonowa-OwsiejenkiA. Adams, Bolsheviks..., s. 88-89..
W styczniu 1919 r. podczas odwrotu armii URL z Lewobrzeża Bołboczan ustąpił ze stanowiska. W czerwcu 1919 w Płoskirowie próbował samowolnie odzyskać dowództwo korpusu. Zdaniem Mykoły Łytwyna oraz Kima Naumenki 10 czerwca 1919 został aresztowany bez żadnego oporu. Zarzucono mu, że wraz z Wołodymyrem Oskiłką podjął próbę mianowania naczelnikiem Dyrektoriatu Ukraińskiej Republiki Ludowej Jewhena PetruszewyczaЛитвин М., Науменко К., Історія ЗУНР, Львів: Інститут українознавства НАНУ;