9 sierpnia Federalny Trybunał wyborczy nakazał ponownie przeliczyć głosy, jednakże nie ze wszystkich okręgów, a jedynie z 12 tys. (wobec łącznej liczby 130 tys.). Obrador zapowiedział wtedy walkę i protesty do momentu, w którym Trybunał nakaże sprawdzić wszystkie głosy. Dopiero 5 września Trybunał potwierdził oficjalnie wyniki wyborów na korzyść Calderóna, którego przewaga nad Obradorem stopniała do 233 831 głosów (0,56%), wobec czego Calderón objął urząd 1 grudnia, pomimo sprzeciwów lewicy.
Gorący przeciwnik proponowanej przez Felipe Calderóna reformy sektora naftowego Meksyku, która zakładała dopuszczenie możliwości wchodzenia przedsiębiorstwa państwowego Pemex (Petróleos Mexicanos) w joint ventures z koncernami międzynarodowymi, w celu zahamowania spadku produkcji ropy naftowej (obserwowanego od 2005) i pozyskanie technologii umożliwiających sięgnięcie po złoża położone głęboko pod dnem morskim. Zdaniem Obradora byłaby to forma ukrytej prywatyzacji Pemex oznaczająca zagrożenie dla bezpieczeństwa energetycznego kraju.