Po wybuchu wojny trzydziestoletniej w 1624 roku odnowiono miejskie fortyfikacje. W 1626 miasto na krótko zajęły wojska duńskie, lecz jeszcze w tym samym roku obległy je wojska Johana von Tilly'ego, które w następnym roku ustanowiły je swoją siedzibą. W 1628 cesarz nakazał mieszkańcom przejść na katolicyzm lub opuścić Peine w ciągu trzech miesięcy, wskutek czego z miejscowości wyprowadziło się wielu protestantów. W następnych latach miasto na przemian zajmowały wojska carskie i szwedzkie, a w 1633 władzę nad miastem przejęło księstwo Brunszwiku, co umożliwiło powrót luteranizmu do miasta.
W 1803 miasto przeszło z rąk biskupstwa Hildesheimu w ręce Królestwa Prus. W latach 1806–1813 należało do podległego Napoleonowi Królestwa Westfalii, a 1 maja 1815 włączono je w granice Królestwa Hanoweru.