Tak zmodyfikowana wersja otrzymała oznaczenie Do 26D, do tego standardu doposażono również prototyp V2.
Zastosowanie bojowe Po wybuchu II wojny światowej samoloty Do 26 weszły w skład Trans-Ozean Staffel/15 dowodzonej przez Hauptmanna Freiherra von Buddenbrocka. Samoloty zostały dostarczone do jednostki 21 września 1939 r. Pierwsze użycie bojowe maszyn miało miejsce podczas inwazji na Norwegię, w tracie działań bojowych utracono 28 maja 1940 r. jeden z egzemplarzy. Pozostałe maszyny służyły w Transozeanstaffel/K.Gr.z.b.V 108.
Do 26 V5 (P5 + EH), po katapultowaniu ze statku „Friesenland”, 16 listopada 1940 r. rozbił się w pobliżu portu Brest. W katastrofie zginęła cała załoga. V6 został użyty w czerwcu 1943 r. do uratowania personelu stacji meteorologicznej „Holz Auge” na Grenlandii. Późniejsze losy Do 26 nie są znane, żaden z nich nie został zdobyty przez Aliantów.