Następnie pracował w karpackim przemyśle naftowym aż do 1870 r., kiedy to powrócił do Krakowa. 3 stycznia 1871 r. został zamordowany przez osobę, którą przyjął na służbę. Powód zbrodni nie został wyjaśniony – w grę wchodził motyw rabunkowy lub politycznySzerzej opisuje sprawę Widacki, 1992.. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (pas 23, płd.). mały|Grób prof. Ludwika Zeisznera na cmentarzu Rakowickim
Działalność naukowa W swoich badaniach geologicznych specjalizował się przede wszystkim w Karpatach i Górach Świętokrzyskich. W latach 1829–1856 systematycznie badał Tatry, a ze swoich wszystkich publikacji ok. jedną czwartą poświęcił ich geologii. Za jego główną pracę w tej dziedzinie należy uznać Rzut oka na budowę geologiczną Tatrów (Warszawa 1842)Houdek Ivan, Bohuš Ivan: Osudy Tatier, Šport, Bratislava 1976, s. 68. W 1843 r. towarzyszył w wycieczkach w Tatry i Góry Świętokrzyskie wybitnemu brytyjskiemu geologowi i stratygrafowi Roderickowi Murchisonowi. W 1844 r. w Berlinie opublikował, choć anonimowo, pierwszą w dziejach szczegółową mapę geologiczną Tatr, która została potem wykorzystana w mapie geologicznej Europy Środkowej Murchisona z 1845 r., a następnie w mapie geologicznej całego imperium austriackiego autorstwa Haidingera z 1847 r.