4 lutego 2009 jego rząd przetrwał głosowanie nad wotum nieufności, zgłoszonym przez partie opozycyjne 40 do 51. 13 lutego 2009 prezydent Łotwy ogłosił, że stracił zaufanie do Ivarsa Godmanisa, a tydzień później dwie partie koalicji rządzącej (Partia Ludowa i Związek Zielonych i Rolników) zażądały jego dymisji. Tego samego dnia Ivars Godmanis złożył rezygnację rządu na ręce Valdisa Zatlersa, który ją zaakceptował. 26 lutego 2009 prezydent desygnował na stanowisko premiera Valdisa Dombrovskisa, zaś partia dotychczasowego premiera przeszła do opozycji.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 Ivars Godmanis został jednym z ośmiu łotewskich posłów. Mandat uzyskał z pierwszego miejsca listy LPP/LC. W PE VII kadencji przystąpił do grupy Porozumienia Liberałów i Demokratów na rzecz Europy, europosłem był do 2014.
Życie prywatne Rozwiedziony z żoną Ramoną, z którą ma troje dzieci. Związał się z Ilzą Pētersone, urzędnikiem państwowym i doradczynią premiera ds.