było to pierwsze w mieście towarzystwo lekarskie, przekształcone później w oddział Polskiego Towarzystwa Lekarskiego. Już po tych przekształceniach organizacyjnych Flis zasiadał w zarządzie oddziału, jak również w zarządzie oddziału Towarzystwa Internistów Polskich. Nosił tytuł honorowego przewodniczącego olsztyńskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Historyków Medycyny, a od 9 września 1973 członka honorowego tego towarzystwa. Był w gronie członków założycieli Ośrodka Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie, od 1957 wchodził w skład komitetu redakcyjnego „Komunikatów Mazursko-Warmińskich”. Należał też do Polskiego Towarzystwa Historycznego.
W październiku 1965 zainicjował działalność Towarzystwa Miłośników Olsztyna, które podejmowało liczne inicjatywy na rzecz upiększenia miasta. Flis pełnił przez dwie kadencje funkcję prezesa, następnie otrzymał godność honorowego członka. 22 sierpnia 1974 został wyróżniony wpisem do Księgi Zasłużonych dla miasta Olsztyna. Posiadał szereg orderów i odznaczeń, m.in.