Latem 1999 Lima trafił do Włoch. Podpisał kontrakt z US Lecce, a w Serie A zadebiutował 28 sierpnia w zremisowanym 2:2 domowym spotkaniu z A.C. Milan. We wrześniowym meczu z Juventusem (2:0) strzelił swojego pierwszego i zarazem jedynego gola w pierwszej lidze Włoch. W Lecce spędził jeden sezon i w 2000 roku przeszedł do silniejszej kadrowo Bologny. Tam także miał pewne miejsce w podstawowej jedenastce i zajął z tą drużyną 10. miejsce w Serie A. Równa forma spowodowała, że po sezonie Francisco wzmocnił zespół mistrza Włoch, AS Romę. Występował w niej z kilkoma swoimi rodakami: Cafu, Aldairem, Antôniem Carlosem Zago, Emersonem i Marcosem Assunção. W sezonie 2001/2002 wywalczył Superpuchar Włoch, a później także wicemistrzostwo kraju. Natomiast w 2003 roku dotarł do finału Pucharu Włoch. W 2004 roku miał udział w wicemistrzostwie Włoch.