Wydzielenie sekcji piłkarskiej W 1942 r. nastąpiło odłączenie się sekcji piłkarskiej od wielosekcyjnego Stade clermontois. Od tego momentu funkcjonowała ona jako autonomiczny podmiot, posiadający status klubu profesjonalnego, zachowując jednak swą pierwotną nazwę. W sezonie 1942/43 drużyna zajęła 13. miejsce w wojennych mistrzostwach Francji (grupy południowej), a w edycji 1944/45 tych samych rozgrywek – 4. miejsce grupy południowej. W 1945 r. Stade clermontois zakwalifikowało się do rozgrywek pierwszej po wojnie edycji Division 2 i w sezonie 1945/46 zadebiutowało na tym szczeblu, zajmując 6. miejsce grupy południowej. W tym samym sezonie odniosło również swój pierwszy znaczący sukces. Po zwycięstwie 4:1 nad pierwszoligowym Girondins Bordeaux w ćwierćfinale Pucharu Francji, uzyskał bowiem awans do półfinału, ulegając w nim 7:1 późniejszemu triumfatorowi Lille OSC. Sezon 1946/47 zespół ukończył na bezpiecznej 17. pozycji w końcowej tabeli Division 2. Jednak po zakończeniu rozgrywek - na skutek problemów finansowych - władze ligi odebrały Stade clermontois status klubu zawodowego, karnie relegując go ze szczebla centralnego. Od tego momentu drużyna grała jedynie w ligach lokalnych i regionalnych Owernii. Dopiero w 1966 r. Stade Clermont przestał być klubem amatorskim, a w sezonie 1970/71 wywalczył awans do Division 3.