Pierwszą pracę duszpasterską podjął jako rezydent-po­mocnik w parafii Bolesław w diecezji tarnowskiej. Po kilku miesiącach powrócił do Krakowa i podjął pracę duszpasterską na Prądniku, początkowo w obozie przejściowym dla wywożonych na roboty przymusowe do Niemiec, następnie jako kapelan w szpitalu gruźliczym (do 1946). Po wyzwoleniu studiował w Krakowie na Uniwer­sytecie Jagiellońskim, uzyskując w 1946 stopień magistra teologii. W tym samym roku został kapelanem sióstr w Kiekrzu k. Poznania. Po roku pracy, a następnie otrzymaniu dyspensy od założyciela zakonu, kard. Augusta Hlonda (z racji brakujących lat do objęcia urzędu) został mianowany w 1948 magistrem nowicjatu braci za­konnych w Morasku k. Poznania. W l. 1950–1953 wykładał teologię w Wyższym Seminarium Duchownym Towarzystwa Chrystusowego. We wrześniu 1953 mia­nowany ojcem duchownym w domu studiów Towarzystwa w Ziębicach, a 30 października 1954 – spowiednikiem mieszkańców domu ziębickiego. W 1955 został odwołany do Poznania i skierowany do duszpasterstwa na Pomorzu Zachodnim. Gdy władze państwowe nie wyraziły zgody na objęcie przez ks. Otłowskiego stanowiska wi­kariusza w Stargardzie Szczecińskim, pomagał w kilku parafiach prowadzonych przez chrystusowców.