Następnie wystartowała w drugiej edycji Tour de Ski, wygrywając trzy z ośmiu etapów: 29 grudnia i 1 stycznia w Novym Měscie oraz 4 stycznia w Asiago, a 5 stycznia w Val di Fiemme była druga. W klasyfikacji końcowej zwyciężyła z przewagą ponad 30 sekund na drugą Virpi Kuitunen z Finlandii oraz ponad 50 sekund na trzecią Arianną Follis z Włoch. Nie wystąpiła w czterech biegach w Kanadzie, a w Otepää była szesnasta na 10 km klasykiem i trzynasta w sprincie klasykiem. W końcówce sezonu była między innymi trzecia w Libercu 16 lutego w biegu na 7,6 km stylem dowolnym oraz druga 8 marca w Oslo na dystansie 30 km techniką dowolną, gdzie wyprzedziła ją tylko Ukrainka Wałentyna Szewczenko. W klasyfikacji generalnej zajęła czwartą pozycję.
Zwycięstwem na 10 km stylem dowolnym w rodzinnym Gällivare 22 listopada 2008 roku rozpoczęła sezon 2008/2009. Nie licząc zwycięstwa w Tour de Ski 2007/2008 było to jej pierwsze zwycięstwo pucharowe w historii. Z podowdu choroby nie wystartowała w TDSRywalka Justyny Kowalczyk nie wystartuje w Tour de Ski. Na trasy biegowe wróciła w styczniu 2009 roku. Najpierw wystartowała w zawodach FIS Race w Östersund, gdzie w biegu łączonym na 15 km zwyciężyła. Pod koniec miesiąca wystartowała w mistrzostwach Szwecji, gdzie zwyciężyła w biegu łączonym oraz biegu na 10 km stylem dowolnym.