W momencie ataku Niemiec na Francję został przydzielony do 385 kolumny samochodowej 1 Dywizji Grenadierów. W starciu pod Belfortem w pobliżu granicy szwajcarskiej został ciężko ranny i dostał się do niewoli niemieckiej. Przebywał w szpitalu jenieckim w Strasburgu, a po wyleczeniu został umieszczony w obozie jenieckim w Marburgu. Stamtąd trzykrotnie bez powodzenia próbował uciec. Za karę został przeniesiony do obozu koncentracyjnego pod Marburgiem. W lecie 1942 uciekł. Po ponad miesięcznej wędrówce udało mu się dotrzeć do Polski, w rejon Puław.
W końcu 1942 nawiązał w Dęblinie kontakt z miejscową placówką AK. Na początku 1943 został przydzielony do Oddziału Partyzanckiego ppor. Mariana Sikory „Przepiórki” (OP 15/2 15 pp/2), gdzie pełnił funkcję oficera szkoleniowego. Do sierpnia 1944 oddział ten przeprowadził najwięcej akcji dywersyjno-sabotażowych na Lubelszczyźnie. Jednocześnie Wilczyński był instruktorem w konspiracyjnej szkole oficerskiej i w szkole podchorążych. W końcu lipca 1944 wraz z kompanią Mariana Sikory walczył przeciwko wycofującym się oddziałom niemieckim w rejonie Końskowoli w powiecie Puławy. Po kilkunastodniowym urlopie udzielonym mu przez dowódcę powrócił ponownie do oddziału, by maszerować na pomoc walczącej Warszawie.