Z małżeństwa pochodziło troje dzieci. Jego pierwszy syn Wilhelm urodził się w Sankt Petersburgu w 1802 i także został malarzem. Pozostałe dzieci to Gerhard (ur. 1806) i Adelheida (ur. 1808). W 1807 jego brat poślubił siostrę jego żony.
Podczas swojej kariery von Kügelgen namalował wiele portetów, m.in. swojego ucznia Caspara Friedricha, Johanna Wolfganga Goethego, Augusta von Kotzebuego, Friedricha Schillera, Johanna Gottfrieda Seumego, Ludwiga Uhlanda, Friedricha Wernera czy Christopha Wielanda oraz innych pisarzy, artystów i uczonych tych czasów. Po przeprowadzce do Drezna jego willa Gottessegen, położona w dzielnicy Loschwitz, stała się miejscem spotkań artystów, zwolenników oraz prekursorów wczesnego romantyzmu. Obecnie w jego domu zwanym Kügelgen-Haus znajduje się Muzeum Drezdeńskiego Wczesnego Romantyzmu (niem. Museum der Dresdner Frühromantik).
W 1820 von Kügelgen został zamordowany, gdy jechał ze swojego atelier w Loschwitz do Drezna, przez rabusia – żołnierza Johanna Gottfrieda Kaltofena. Pochowany został na Starym Cmentarzu Katolickim w Dreźnie. W kościele w Loschwitz znajduje się wmurowana tablica na cześć jego i jego syna.
Nazwiskiem malarza została nazwana planetoida (11313) Kügelgen.