Jaskinie, jak większość w kalifornijskiej części Sierra Nevada, powstały w procesie solwatacji marmuru. Marmur jest wapieniem, który został przeobrażony przez temperaturę i ciśnienie i został wyniesiony w wyniku intruzji batolitowej gór Sierra Nevada, około 50-10 mln lat temu. Nagłe wyniesienie batolitu ponad 10 mln lat temu doprowadziło do błyskawicznej erozji skał metamorficznych na większych wysokościach, odsłaniając granitowe wnętrze. Z tego powodu większość jaskiń Sierra Nevada znajduje się na niskich wysokościach (poniżej 2130 metrów/7000 stóp), choć zdarzają się też jaskinie położone powyżej 3000 metrów (10 000 stóp), jak na przykład jaskinia White Chief w Mineral King. Jaskinie te są wydrążone w skale przez liczne w parku okresowe strumienie. Większość dużych jaskiń w parku ma lub miało w przeszłości przepływające przez nie strumienie.
Jaskinie odkrywane są każdego roku – od 2003 roku odkryto ich 17. Jednym z ostatnich odkryć z września 2006 jest jaskinia nazwana Ursa Minor.