'Bakhita' nie była imieniem, które otrzymała po urodzeniu od swoich rodziców. Mówi się, że trauma porwania sprawiła, że zapomniała swoje pierwotne imię; przyjęła to, które nadali jej handlarze niewolników, bakhīta (بخيتة), arabskie słowo oznaczające 'szczęśliwa'. Sprzedawana i odsprzedawana na targach w El-Obeid i Chartumie, doświadczyła upokorzeń i cierpień niewolnictwa, zarówno fizycznego, jak i moralnego. Przymuszono ją także do konwersji na islam.
W El-Obeid Bakhita została kupiona przez bogatego Araba, który wykorzystywał ją jako służącą dla swoich dwóch córek. Traktował ją stosunkowo dobrze, aż do momentu, gdy ta obraziła jednego z synów właściciela. Syn tak ją zbeształ i kopnął, że przez ponad miesiąc nie mogła ruszyć się z łóżka ze słomy. Jej czwartym właścicielem był turecki generał, a Bakhita musiała obsługiwać jego teściową i żonę, które były okrutne wobec swoich niewolników. Bakhita wspominała później: Przez wszystkie lata, które spędziłam w tym domu, nie pamiętam dnia, który by minął bez jakiegoś uszczerbku.