Kolejna zmiana frontu przyczyniła się do najazdu szwedzkiego na Saksonię i znacznego zniszczenia kraju co zmusiło elektora do pertraktacji i podpisania rozejmu w 1645 roku, który wyeliminował albertyńską linię Wettynów z wpływu na dalszy przebieg wojny trzydziestoletniej.
Życie prywatne 16 września 1604 poślubił Sybillę Elżbietę, córkę Fryderyka I, księcia wirtemberskiego. Owdowiał 20 stycznia 1606. Po raz drugi ożenił się 29 lipca 1607. Jego wybranką została Magdalena Sybilla, córka księcia pruskiego Albrechta FryderykaW. Dworzaczek, Genealogia, Warszawa 1959, tabl. 70..
Pierwsze małżeństwo Jana Jerzego było bezdzietne. Z drugiego pochodzili: Zofia Eleonora, ur. 23 listopada 1609, zm. 2 czerwca 1671, żona Jerzego II, landgrafa heskiego na Darmstadt, Maria Elżbieta, ur. 22 listopada 1610, zm. 24 czerwca 1684, żona Fryderyka III, księcia holsztyńskiego na Gottorp, Krystian Albert, ur. 4 marca 1612, zm. 9 sierpnia 1612, Jan Jerzy II, ur. 10 czerwca 1613, zm. 1 września 1680, elektor saski, August, ur. 13 sierpnia 1614, zm. 4 czerwca 1680, książę saski na Weissenfels, Chrystian I, ur. 27 października 1615, zm. 18 października 1691, książę saski na Merseburgu, Magdalena Sybilla, ur. 23 grudnia 1617, zm.