Rejon bagrationowski między 30 czerwca 2008 a 1 stycznia 2017 składał się z 1 osiedla miejskiego i 4 osiedli wiejskich: osiedle miejskie bagrationowskoje: miasto Bagrationowsk osiedle wiejskie gwardiejskoje: miejscowość Gwardiejskoje i 31 osad typu посёлок osiedle wiejskie dołgorukowskoje: miejscowość Dołgorukowo i 18 osad osiedle wiejskie niwieńskoje, miejscowość Niwienskoje i 13 osad osiedle wiejskie pogranicznicznoje, miejscowość Sowchoznoje i 25 osad
Na mocy ustawy z 18 października 2016 r. z dniem 1 stycznia 2017 r. wszystkie jednostki administracyjne rejonu bagrationowskiego zostały scalone w jeden okręg miejski Bagrationowsk (Багратионовский городской округ), obejmujący 88 miejscowości.
Przypisy