Silny nurt, twarda skała oraz ograniczenia finansowe i wiążące się z nimi niedostatki siły roboczej spowalniały budowę kanału.
Budowa rozpoczęła się w 1785 roku i trwała 17 lat, o sześć lat dłużej, niż zajęło wytyczenie, wybudowanie i zasiedlenie Waszyngtonu - nowej stolicy odległej od kanału o 15 kilometrów w dół rzeki. Stwarzająca wrażenie schodów seria pięciu śluz umożliwiała podnoszenie i opuszczanie łodzi w celu ominięcia wodospadów. Budowa śluz była sporym przedsięwzięciem inżynieryjnym i wymagała znacznych ilości siły roboczej. Przy budowie pracowały rzesze robotników i niewolników z okolicznych plantacji. Praca była trudna i niebezpieczna. Aby utworzyć ostatnie trzy śluzy litą skałę wysadzano przy pomocy czarnego prochu. Było to jedno z pierwszych "budowlanych" zastosowań prochu w Ameryce.
George Washington często z dumą odwiedzał kanał podczas jego budowy; nie dożył jednak ukończenia projektu, który stał się jego idée fixe. Zmarł w 1799 roku dwa lata przed otwarciem kanału na odcinku Great Falls. Lecz w dłuższej perspektywie wizja Washingtona kraju wzmocnionego dzięki handlowi stała się faktem.