Dalsze sporadyczne badania na Polesiu prowadził we współpracy z Wołyńskim Towarzystwem Przyjaciół Nauk, a w 1937 także z Państwowym Instytutem Geologicznym. Wyniki tych badań podsumował w opublikowanej w 1937 rozprawie Utwory lodowcowe w zachodniej części Polesia Wołyńskiego, na podstawie której uzyskał w 1939 stopień doktora na Uniwersytecie Jagiellońskim (promotorem był Eugeniusz Romer). W latach 1937–1938 pełnił funkcję redaktora Rocznika Ziem Wschodnich.

W połowie 1938 E. Rühle został zatrudniony w Państwowym Instytucie Geologicznym, wchodząc w skład badawczej Grupy Wołynia, Podola i Polesia, kierowanej przez Zbigniewa Sujkowskiego. Wykonywał zdjęcie geologiczne dla arkusza Kołki, mapy geologicznej 1 :100 000. Prace te przerwał wybuch wojny we wrześniu 1939. W 1939 roku ukazała się jeszcze jego publikacja Morfologia glacjalna dorzecza Czereku Bałkarskiego w Środkowym Kaukazie, do której materiały zebrał w Polsce oraz w Moskwie.

Okupacja niemiecka 1939–1945 W czasie okupacji wrócił do Warszawy. W latach 1939–1944 pracował jako geolog w Aussenstelle des Reichsamtes für Bodenforschung (Oddział terenowy Urzędu Rzeszy do Badań Ziemi -dawny Państwowy Instytut Geologiczny). Zajmował się badaniami czwartorzędu opracowując próbki z licznie wykonywanych wtedy wierceń.