Wraz z nowym tytułem otrzymał stanowisko adiunkta. W 2000 roku Rada Wydziału Nauk Historycznych i Pedagogicznych UWr nadała mu stopień naukowy doktora habilitowanego nauk humanistycznych na podstawie rozprawy nt. Militarne aspekty wojny trzydziestoletniej na Śląsku. W 2002 został na macierzystej uczelni profesorem nadzwyczajnym. W tym samym roku objął funkcję prorektora Uniwersytetu Wrocławskiego. W 2012 prezydent Polski Bronisław Komorowski nadał mu tytuł profesora nauk humanistycznych.
Ponadto jest członkiem wielu towarzystw naukowych w kraju, m.in.: Polskiego Towarzystwa Historycznego, Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego,Przegląd Uniwersytecki Uniwersytetu Wrocławskiego, R. 18, Nr 10 (194), październik 2012, s. 15. [on-line] [dostęp: 29.10.2012].
Dorobek naukowy Jego zainteresowania naukowe koncentrują się wokół zagadnień związanych z szeroko rozumianą historią nowożytną i historią wojskowości. Obecnie prowadzi badania dotyczące tzw. teorii rewolucji militarnej oraz nowożytnej i najnowszej myśli wojskowej. Dorobek naukowy Jerzego Maronia wynosi 4 monografie, 3 syntezy (jako współautor), 9 książek (redaktor, współredaktor), a także 70 artykułów. Do jego ważniejszych publikacji należąDane na podstawie Biblioteki Narodowej w Warszawie, stan na 29.10.2012: