W okresie podbojów kolonialnych europejskie potęgi chrześcijańskie musiały dokonywać tych wyborów przy kolonizacji Azji, Oceanii, Afryki i obu Ameryk.
Wczesnym głosicielem idei tolerancji był Polak Paweł Włodkowic, który na soborze w Konstancji twierdził, iż narody pogańskie mają prawo do zachowania swych wierzeń. Mimo działań Włodkowica poważna dyskusja na temat tolerancji rozpoczęła się w Europie dopiero w XVI i XVII wieku w odpowiedzi na reformację, wojny religijne oraz prześladowania, które poprzedzone były rozłamem Kościoła katolickiego zapoczątkowanego przez Marcina Lutra, Huldrycha Zwinglego i innych. Pisarze tacy jak Sebastian Castellio i Michel de Montaigne kwestionowali teorię prześladowań usprawiedliwiającą wojny religijne, egzekucje osób oskarżonych o herezje oraz uprawianie czarnej magii, w zamian przedstawiając argumenty przemawiające za tolerancją.
W ramach kontrastu, ówczesna Polska była wyjątkiem na skalę światową – gdy Europa krwawiła w wyniku licznych wojen, Polska była stabilna, gdyż tolerancja już była fundamentem państwowości polsko-litewskiej.