W 1987 Béjart zamieszkał w Lozannie w Szwajcarii, gdzie powstał Béjart Ballet Lausanne. W 1992 zmniejszył liczbę tancerzy do 30 osób w zespole, z którego powstał L’école-Atelier Rudra-Béjart. Kolejne choreografie Béjarta dla Béjart Ballet Lausanne to: Cudowny mandaryn, King Lear-Prospero, À propos de Shéhérazade, Lumière, MutationX, La Route de la soie, Le Manteau, Enfant-Roi, La Lumière des eaux i Le Presbytère n’a rien perdu de son charme, ni le jardin de son éclat. W 2007 powstało jego ostatnie dzieło Le Tour du monde en 80 minutes.
Béjart wydał też kilka książek, w tym La Mort subite – journal intime, Le Ballet des mots, Le Même et un Autre, Lettres à un jeune danseur, L’Autre chant de la danse. Ce que la nuit me dit, Mathilde ou le temps perdu, Mémoires, tome 2: La Vie de qui?, Théâtre: A-6-Roc i Un Instant dans la vie d’autrui. Mémoires.
W 1999 otrzymał Nagrodę Kioto w dziedzinie sztuki i filozofii. W 2003 został uhonorowany Prix Benois de la Danse za wybitne osiągnięcia.
Życie prywatne Otwarcie przyznał się do homoseksualizmu.