Etiologia mały|250px|Zakażenia WZW C w USA według ich źródła Wirus zapalenia wątroby typu C to mały, otoczkowy, jednoniciowy wirus RNA o dodatniej polarności (+ssRNA-wirus), który należy do rodzaju Hepacivirus w rodzinie Flaviviridae. Występuje siedem głównych genotypów wirusa HCV. W USA podtyp 1 jest przyczyną 70% zachorowań, podtyp 2 20% przypadków, a każdy następny podtyp powoduje 1% zakażeń. Genotyp 1 jest także najczęściej występującym w Ameryce Południowej oraz w Europie.

Rozprzestrzenianie się choroby Główną drogą rozprzestrzeniania się choroby w krajach rozwiniętych jest dożylne zażywanie narkotyków (ang. IDU – intravenous drug use), zaś w krajach rozwijających się choroba najczęściej roznosi się podczas transfuzji krwi oraz w trakcie wykonywania procedur medycznych, podczas których nie stosuje się środków bezpieczeństwa. W 20% przypadków źródła zakażenia są nieznane, ale wiele z nich można przypisać IDU.