W latach 1993–2001 był dyrektorem Wojskowego Instytutu Historycznego, a po przekształceniach organizacyjnych – dyrektorem Wojskowego Biura Badań Historycznych (do 31 października 2002). Był wykładowcą Uczelni Łazarskiego. Kierował Katedrą Historii Prawa na tejże uczelni.

W latach 1959–1981 był członkiem PZPR. Pełnił funkcję I sekretarza POP PZPR w Instytucie Historii PANSpętana akademia. Polska Akademia Nauk w dokumentach władz PRL. Materiały partyjne 1950–1986, t. II, wybór, wstęp i opracowanie Patryk Pleskot, Tadeusz Paweł Rutkowski, Warszawa 2012, s. 718..

mały|241x241px|Grób Andrzeja Ajnenkiela na cmentarzu Bródnowskim Był członkiem rad redakcyjnych m.in.: Polskiego słownika biograficznego, „Przeglądu Historyczno-Wojskowego”, „Przeglądu Wschodniego” i „Czasopisma Prawno-Historycznego”.

W 1993 bez powodzenia ubiegał się o mandat senatora z ramienia BBWR w województwie stołecznym.

Kanclerz Kapituły Orderu Odrodzenia Polski od 21 czerwca 1993 do 2008 (trzy kadencje).

Życie prywatne Syn Stefana i Janiny z domu Rogo, która zmarła, gdy Andrzej miał 3 lata.

Dwukrotnie żonaty, ojciec trojga dzieci.