Zwiększyło to rozstaw goleni podwozia i ułatwiło manewrowanie samolotem na lotnisku oraz starty i lądowania niedoświadczonym pilotom.
Produkcję seryjną początkowo prowadzono w wytwórniach Arado Flugzeugwerke GmbH i AGO Flugzeugwerke GmbH, a później także w wytwórni na terenie Protektoratu Czech i Moraw – Avia i Letov. W trakcie produkcji seryjnej opracowywano i budowano różne wersje samolotu, różniące się przeznaczeniem, a co za tym idzie, wyposażeniem. Produkcję samolotu prowadzono do 1945 roku i łącznie zbudowano 2891 samolotów Ar 96 wszystkich wersji.
Po zakończeniu II wojny światowej w zakładach Avia w Czechosłowacji wznowiono produkcję samolotów opartą na konstrukcji samolotu Ar 96, otrzymał on oznaczenie Avia C-2 i produkowany był do 1949 roku, zbudowano 394 tego typu samoloty.