Dwa lata później, w wyborach prezydenckich, zwyciężył John Adams, którego formalnie poparł ustępujący prezydent Washington. Ponownie zagłosowali na niego kupcy z Nowej Anglii i farmerzy z Karoliny Południowej. W czasie jego kadencji, najważniejszymi kwestiami były sprawy zagraniczne, zwłaszcza normalizacja stosunków z Francją, głównie po aferze XYZ z 1798 roku. Dzięki przewadze w Kongresie, federaliści uchwalili powołanie marynarki wojennej i podnieśli podatki. W tym okresie nastąpił też rozwój prasy, która miała walny wpływ na kolejne kampanie wyborcze. Jeszcze przed wyborami prezydenckimi w 1800 roku doszło do rozłamu, wynikającego z niechęci Hamiltona do Adamsa. Federaliści przegrali wybory, a prezydentem został lider demokratycznych republikanów Thomas Jefferson. W wyborach do Kongresu i legislatur stanowych, Partia Federalistyczna także ponosiła porażki. Ich sytuacja jeszcze się pogorszyła, gdy w 1804 roku, Alexander Hamilton zginął w wyniku pojedynku z ówczesnym wiceprezydentem Aaronem Burrem. W czasach prezydentury Jeffersona, sprzeciwiali się nałożeniu embargo w 1807 roku, a rok później popierali plan secesji Nowej Anglii. W 1812 roku zwołali konwencję w Hartford, podczas której mieli wybrać kandydata na prezydenta, a także określić swoje stanowisko w sprawie ewentualnej wojny z Wielką Brytanią.