Podczas jego prezydentury w partii zaczęły pojawiać się konflikty, które najbardziej uwidoczniły się podczas wojny z Wielką Brytanią. Mimo to Madison uzyskał reelekcję, co było spowodowane słabnącymi wpływami federalistów (ich poparcie osłabło zwłaszcza w stanach środkowych). W wyniku tego, w wyborach prezydenckich w 1816 roku faworytem był kandydat Partii Demokratyczno-Republikańskiej James Monroe. Po jego dwóch kadencjach, istniała tylko jedna siła na scenie politycznej, jednakże wewnętrznie skonfliktowana. Pojawiło się wówczas czterech kandydatów na prezydenta: John Quincy Adams, Andrew Jackson, Henry Clay i William Crawford. Dzięki sojuszowi zawartemu pomiędzy Adamsem a Clayem, ten pierwszy został wybrany na prezydenta, a drugi otrzymał stanowisko sekretarza stanu. Konsekwencją takich rozwiązań był rozpad Partii Demokratyczno-Republikańskiej na stronnictwo Adamsa-Claya (Narodowi Republikanie) i stronnictwo Jacksona-Calhouna-Van Burena-Crawforda (Demokratyczni Republikanie). Ukształtowało to stały element dwupartyjności amerykańskiej polityki. Te dwie siły zmierzyły się ze sobą w wyborach w 1828 roku, w których zwyciężył duet: Andrew Jackson i John C. Calhoun. Poparli ich głównie farmerzy, robotnicy i rzemieślnicy miejscy.