Największe z ocalałych ruin, San Gervasio, znajdują się niemal dokładnie pośrodku wyspy.
Pierwszym Europejczykiem na Cozumel był Juan de Grijalva w 1518, po nim przybył tu Hernán Cortés wraz z flotą, niszcząc wiele świątyń Majów. Na wyspie żyło około 40 tysięcy Majów, jednakże ich populację wyniszczyła epidemia ospy i w 1570 jedynie 30 z nich pozostało przy życiu. Następnie wyspa była opuszczona, sporadycznie używali jej jako kryjówki piraci. W 1848 po wybuchu trwającego ponad pół wieku powstania Majów na półwyspie Jukatan, znanym jako Wojna Kast, Cozumel zasiedlili uchodźcy uciekający przed rewoltą. Z przechowywanej w miejscowym muzeum płyty można wywnioskować o istnieniu planów zakupu wyspy przez Abrahama Lincolna, celem osiedlenia na niej wyzwolonych czarnych niewolników. Przedłużająca się wojna domowa na Jukatanie i polityczne dyskusje podczas wojny secesyjnej w USA sprawiły jednak, że niewielką grupę byłych niewolników z USA wysłano ostatecznie na wyspę Vache u wybrzeży Haiti.