烏丸線 Karasuma-sen (oznaczenie „Ｋ”) – linia długości 13,7 km, całkowicie podziemna, o przebiegu NS, w śródmieściu pod ulicą 烏丸通 Karasuma-dōri – skąd nazwa. Zajezdnia znajduje się koło stacji końcowej 竹田 Takeda. Ważne stacje na trasie to (poza Karasuma-Oike): 京都 Kyōto – pod głównym dworcem kolejowym, 四条 Shi-jō – przesiadkowa na Hankyū-Kyōto-sen oraz 国際会館 Kokusai-kaikan przy centrum kongresowym (końcówka północna linii). Na południowym krańcu (stacja Takeda) Karasuma-sen jest połączona z linią kolei prywatnej 近鉄京都線 Kintetsu-Kyōto-sen.
東西線 Tōzai-sen (oznaczenie „Ｔ”) – linia długości 17,5 km, całkowicie podziemna, o przebiegu WZ (skąd nazwa), w śródmieściu pod ulicą 御池通 Oike-dōri. Linia łączy ze śródmieściem dzielnice położone w dolinie rzeki Yamashina, oddzielone pasmem wzgórz Higashiyama. Ważne stacje linii to: 二条 Nijō – przesiadkowa na JR-Sagano-sen, 三条京阪 Sanjō-Keihan – na Keihan-honsen, 山科 Yamashina – na JR Tōkaidō-honsen oraz 六地蔵 Rokujizō – na linię JR-Nara-sen. Na odcinku Sanjō-Keihan – 御陵 Misasagi infrastruktura należy do kolei „trzeciego sektora” 京都高速鉄道 Kyōto Kōsoku Tetsudō, która przekazała eksploatację Miastu Kioto. Na stacji Misasagi linia jest połączona z 京阪京津線 Keihan-Keishin-sen. Zajezdnia, całkowicie podziemna, znajduje się przy stacji 醍醐 Daigo.