Do sezonu 1999/2000 organizowano trzy oddzielne turnieje pucharowe. W 1998 roku Bośnia i Hercegowina po raz pierwszy zdobyła oficjalnego zwycięzcę Pucharu po "superfinale" pomiędzy zwycięzcami dwóch różnych pucharów (Pucharu NS BiH i Pucharu Herceg-Bośni), w którym FK Sarajevo wygrał z HNK Orašje (0:0, 1:0 pd.). W sezonie 1999/2000 w Federacji Bośni i Hercegowiny zorganizowano wspólny format pucharu (kluby z Pucharu Herceg-Bośni dołączyli do Pucharu NS BiH). Od sezonu 2000/01 po raz pierwszy w Pucharze rywalizują kluby z całego kraju (w tym kluby z Republiki Serbskiej). Nadal są kontynuowane regionalne rozgrywki o Puchar Federacji Bośni i Hercegowiny oraz Puchar Republiki Serbskiej.
Format Format rozgrywek był wiele razy zmieniany. W rozgrywkach uczestniczą kluby występujące w Mistrzostwach Bośni i Hercegowiny. Obecnie wszystkie rywalizacje od rundy pierwszej do finału składają się z jednego meczu, jedynie w półfinale rozgrywane są dwie gry. Zwycięzca kwalifikuje się do dalszych gier, a pokonany odpada z rywalizacji. W wypadku kiedy w regulaminowym czasie gry padł remis zarządza się dogrywkę, a jeśli i ona nie przyniosła rozstrzygnięcia, to dyktowane są rzuty karne.