Ta ostatnia wersja stała się podstawowym samolotem szkolnym w szkołach lotniczych.
Łącznie wyprodukowano 1456 samolotów Ar 66
Użycie Od momentu wprowadzenia do produkcji seryjnej samoloty Ar 66 zaczęto wprowadzać do szkół lotniczych i znalazły się w szkołach pilotażu FFS A/B 4 (Flugzeugführerschule A/B 4) w Pradze-Kbely, Sch./FAR 11 (Schule/Fliegerausbildungs-Regiment 11) w Schonwalde, Sch./FAR 23 (Schule/Fliegerausbildungsregiment 23) w Kaufbeuren i FFS A/B 166 (Flugzeugführerschule A/B 116) w Goppingen. Gdzie były użytkowane do końca wojny. thumb|left|Samoloty Ar 66 eksploatowane w warunkach zimowych W 1943 roku wykorzystując doświadczenia z frontu wschodniego, wzorując się na radzieckich eskadrach nocnych wyposażonych w samoloty Po-2, utworzone eskadry lekkich bombowców nocnych (Störkampfstaffeln), a następnie z tych eskadr nocne dywizjony szturmowe (Nachtschlachtgruppen), które wyposażono w samoloty Ar 66C oraz Gotha Go 145. Istniały 5 takich dywizjonów z których: 3 (NSGr 2, NSGr 3 i NSGr 5) działało na terenie Rosji, 1 (NSGr 8) w Finlandii a 1 (NSGr 12) na Łotwie. Samoloty Ar 66C w tych dywizjonach przystosowano do zrzucania bomb o wagomiarze do 4 kg.